Gökova adı Türkçedir ve Türkler tarafından verilmiştir. Gök, Türkçe’de ‘yeşil’ anlamına gelir. Türkler, doğanın rengine ve coğrafi konumuna veya büyüklük miktarına göre yer adı vermişlerdir, Karaova, Gökova, Sarıova, Büyükova, Ovacık gibi. 16. Yüzyıl Osmanlı resmi belgelerinde Gökova olarak açıkça yazılmıştır. Bununla beraber, 17. Yüzyılın ikinci yarısından itibaren resmi yazışmalarda ‘Gökabad’ olarak yazılmaya başlanır. Abad, Farsça, ‘ova’ anlamında bir kelimedir. Resmi kayıtlarda 1927 yılında bile Gökova köyünün adı halâ ‘Gökabad’ olarak geçer. Sanıyorum 1944’den önce adı resmi olarak tekrar Gökova’ya değiştirilmiştir. Demre’ye bağlı ‘Kekova’ adasının adı da Gökova adının bozuk telaffuzudur. Gökova adına da hem Anadolu’da hem de Balkanlarda yer adı olarak sıkça rastlanır. Örneğin Osmanlılar döneminde Balkanlarda İpek nahiyesine bağlı Gökova köyü, Yanya Yenişehir nahiyesine bağlı Gökova köyü, Antalya Kaş’a bağlı Gökova kalesi, Selanik Karaferye civarında Gökova Çiftliği adında yerler vardı.
Gökova, Osmanlılar döneminde, hem köyün adı hem de kazanın adıdır. 16. Yüzyılın ikinci yarısında bu bölgeler idari olarak doğrudan Muğla’ya bağlı iken, sonradan müstakil kaza yapılmıştır. Gökova’nın doğal güzelliği dışında Osmanlılar döneminde önemli bir yeri yoktur. Gökova için en önemli askeri olaylardan biri, Kanuni Sultan Süleyman’ın kara askerlerinin 25 Temmuz 1522’de Gökova’dan geçmeleridir. Askerler geçilmesi gayet zor olan (yol yok çünkü) Kargasekmez dağından inerek, askeri bir konak olan Gökova’ya inmişler ve Cuma günü buradan Marmaris’e geçmişlerdir. Gökova, Muğla, Marmaris ve Rodos idarecilerinin çekişme alanı olarak kalmıştır. 1584 yılında doğrudan Muğla’ya bağlıdır ve Divan-ı Hümayun başkâtiplerinden Hamza Beyin zeameti arasındadır.
Gökova köyünün başka bir adı da Çakırköy’dür. 1584 tarihli Menteşe İcmal defterinde (karye-i Gökova nam-ı diğer Çakır tabi-i Muğla hasıl 3000) ibaresi geçer (Tapu arşivi, Ankara, No. 295, s. 4a). Gökova’nın etrafında yer alan Kızılyaka, Kara Bögürdlen ve Çavdar Sekisi adlı köyler ise Osman’a zeamet olarak verilmiştir. Gökova’nın Ula’ya bağlanması ise 1734 (1146) yılındadır. Gökova’da salgın olan vebanın çok sayıda insanı öldürmesiyle birlikte, bir kadının masraflarını karşılayamayacak derecede nüfusunun azalması, bundan dolayı da adaletin sağlanmamasıdır. Ona en yakın adli merkez Ula kadılığı olduğu için Ula’ya bağlanmayı Gökova ahalisi kendisi istemiştir. Gökova köyünün etrafında, Karabörtlen, Kızılyaka, Çakallar, Arablar, Gelibolu, Hisarönü, Acı, Hacı İlyas, Kıran ve Çepnibeli adlı yerleşim yerleri bulunurdu. Hatta Gelibolu köyünde Mehmet bin Kutlu tarafından yaptırılmış bir kervansaray ile mescit vardı. Bu köyden akan nehirde (azmak) çeltik yetiştiriliyordu.
Osmanlı belgelerinde Gökova’dan geçen azmak ile ilgili ciddi bir veriye rastlanmıyor. Bilindiği gibi, azmak sözcüğü, 16. Yüzyıl Osmanlı resmi kayıtlarında, ‘azmak ve batak’ olarak geçer. Azmak Deresi, Kara Azmak, Tuzlu Azmak, Azmak köyü ve Azmak çayı gibi sözcüklere rastlanır. Özellikle Osmanlı ordusu sefere çıkmadan önce azmaklar üzerindeki köprülerin durumu incelenir ve gerekli olanlar tamir edilirdi. Bir seferinde Gökova ile ticaret yapan Rodoslu bir tüccar Gökova’da azmak üzerinde yıkılan bir köprünün tamir edilmesini İstanbul’dan istemiştir. Marmaris köyü ise 18. Yüzyılın ilk yarısında (1133 yılında) Gökova kadılığına bağlıydı. Marmaris’in adli işlerine Rodos kadıları karıştığı için bu hatırlatma yapılmıştır.
Gökova köyünün Kırım Han ailesi ile bağlantısı vardır. Bu köyün vergi geliri, Cengiz Han neslinden gelen sultanlardan biri olan ve Kırım hanı olan Halim Giray’a zeamet olarak verildi. Halim Giray, Muğla beyi İsmail’in Belgrat sahrasından Sultan’a gönderdiği 1202 (1788) tarihli yazıya göre, Yaş muhafazasında karakol hizmeti yaptı ve kâfirin karakolcularından ‘dil ve kelle getirdiği için’ mukataasının miktarının artırılması istendi. O yıllarda kalgay olan Mübarak Giray Sultan da bu muhafazada başarılı görevler yaptığı için kendisine verilen tahsisat artırılmalıydı (BOA, AE, SABH.I, 116/7785). Halim Giray, bu mukataayı, 1804 yılında, Valide Sultan kethüdası Yusuf’a 100 kuruş peşin alarak sattı. Kendisi zaten İstanbul’da ikamet ediyordu.
Gökova köyünün tarihi sorunları arasında kaçakçılık, veba ve eşkıyalık vardır. 1722 yılında Tavas’a bağlı Soğulmaz köyünden gelen eşkıyalar Gökova köyünü basıyorlar, mal ve cana zarar veriyorlardı. Devletin uğraştığı en önemli sorunlardan biri de Gökova körfezindeki Akbük İskelesi vasıtasıyla yapılan silah, tüfek, barut, tütün, tuz, buğday, kereste, palamut, krom madeni ve çam kabuğu kaçakçılığıydı. Her ne kadar Gökova’da 1904’te binası tamamlanan Rusümat Dairesi (Maliye) mevcut olsa da, Rodos, Sisam ve başka yerlerden gelen yerli ve yabancı tacirler ile kaçakçılık yapılıyordu.
Tanzimat’ın ilanıyla birlikte, erkeklerin tasarruf ettikleri emlak ve arazi ayrı, kadınların tasarruf ettikleri emlak ve araziler ise ayrı sayıma tabi tutuldu. Yeni bir evrgilendirme usulü getirildi. Buna göre 51 hanelik nüfusa sahip olan Gökabad köyündeki kadınların hiçbirinin arazi tasarruf etmedikleri anlaşıldı. Onlar sadece büyükbaş hayvanlara sahiplerdi ve Osmanlı idaresi Gökovalı kadınların sahip oldukları büyükbaş ve küçükbaş hayvanları da vergilendirmişti.
Nüfus yapısına gelince; Gökova ve çevresindeki köylerin nüfusunun tamamen Müslüman (Türk) olduğu cizye vergisi ödemediklerinden anlaşılır. Bu köylerin çoğunun kuruluşu 16. Yüzyıla kadar geri gider. Çoğu çoban ve çiftçidir. Tanzimat’tan sonra Hisarönü köyü 40 hane, Gelibolu 24 hane, Gökova 51 hane, Kızılyaka ve Çakallar birlikte 39 hane, Karabörtlen 100 hane nüfusa sahipti. Bu durum sahile yakın köylerin fazla nüfuslu olmadığını gösterir. 1890’lı yıllarda bazı köylüler denizi doldurarak kendilerine meskenler yapmaya başladıkları dikkate alınırsa barınma sıkıntısı ileri sürülebilir.
Gökova köyü, 1917 yılında İtalyan tarafından bombalandı. Aynı yıl Gökova Körfezinde İtalyan savaş gemileri devriye geziyorlardı.7 Nisan 1917’de Gökova İskelesine 300 İtalyan askeri çıktı. Bunların bir kısmı buradan Muğla’yı işgale gitti. 17 Aralık 1917’de İtalyan askerleri Muğla’dan Gökova’ya çekildiler.